El Programa Nacional de Ciencia y Tecnología 1995-2000, promueve la creación de Consejos Locales de Ciencia y Tecnología, que definirán y efectuarán sus propias actividades, con la finalidad de lograr el crecimiento de la actividad científica en forma equilibrada, desde el punto de vista institucional y geográfico. La formación de investigadores en Centros e Instituciones de Educación Superior, es esencial para impulsar el desarrollo Científico y Tecnológico de la entidad. Sin embargo, existen limitaciones y debilidades en el desarrollo de la ciencia y tecnología en el Estado, contándose con pocos y dispersos grupos de científicos; con un reducido volumen y limitada producción científica y tecnológica; pocos posgrados de excelencia para la formación de recursos humanos y restringidos a algunos campos del conocimiento. Por lo anterior el Gobierno del Estado consideró como indispensable la creación de un organismo promotor para el desarrollo científico y tecnológico. Así, bajo este marco, el 20 de diciembre de 1999, se publicó el decreto por el que se crea el Consejo Quintanarroense de Ciencia y Tecnología (COQCYT), como un Organismo Descentralizado del Poder Ejecutivo del Gobierno del Estado de Quintana Roo, de interés público social, dotado de personalidad Jurídica y Patrimonio propios, sectorizado a la Secretaría de Educación y Cultura.